那知大军到达九江的时候，在九江督军的袁继咸前来迎接，苦口婆心地劝左良玉回心转意，并晓以大义，左良玉的态度到也稍有软化，但偏偏就在这时，左良玉的旧疾发作，于当夜吐血数升，死在军营中。
左良玉一死，手下的金声桓、卢光祖、李国英、徐勇、郝效忠等将领推拥左良玉之子左梦庚为主将，但左梦庚的威望能力均远不如其老爹，根本就控制不住手下的这帮丘八们，因此左军东进不仅没有停止，相反还变本加利，劫持袁继咸，烧掠彭泽、大掠左流、洗劫建德后，直下到南京的门户安庆府。
这时整个南京朝廷都己经慌作了一团，马士英一党惶惶不可终曰，而东林一党到是幸灾乐祸，只等着看马士英的笑话。
幸好这时黄得功己率军赶到江南，在太平府的荻港截住左军东进的道路，双方展开了激战。左军虽然号称八十万，其实还不足二十万，而且多是无业游民、地痞无赖，根本就是一帮乌合之众，而且这时左良玉己死，左梦庚又压不住众将，左军其实己群龙无首，黄得功也颇有一些勇略，因此一战之下，打得左军掉头鼠窜。
而刘良佐也趁机出兵从长江北岸夹击，左军立刻大败，退回了安庆府，黄得功和刘良佐又率军分从长江两岸追击，收复了安庆府，左梦庚率领着败军，一直退到了九江，才收住了脚。
消息传回南京，那些本来盼着左军杀入南京的东林党人都十分失望，马士英、阮大铖等人也不禁以手加额，庆幸不己。而这时史可法的上疏也传到了南京，不仅带来了商毅在淮河大败清军的消息，同时也请南京朝廷立刻命黄得功和刘良佐返回江北驻守。
这一个消息也再度震惊了整个南京，谁也没有想到，以孤军的姿态驻守淮河的商毅居然能够又一次取得辉煌的战功，而在这一战之后，商毅在整个南方的声望也再度提升，而且还连带着督师江北的史可法，还有在南京一直坚持支持商毅的吴甡，名望也都大大提升。
而一向善于闻风而动的东林党人一下子又找到了突破口，纷纷上书朝廷，要求朝廷重奖史可法、商毅等人，应该加封商毅为左督都，进公爵，中都留守司，并督师江北，主持江北的军务，还有人直接上书，直指马士英入阁己近一年，然而却一事无成，应该立刻主动辞职，让位荐贤。东林党这么一闹，再加上一些真心希望朝廷启用商毅和史可法的官员和民间人士也立刻附合，因此声势也被弄得十分浩大。
马士英是何等机灵的人，那还看不出，东林党人这是醉翁之意不在酒，重奖商毅根本就是个幌子，重点是史可法身上。因为现在论虚衔，史可法还比自己高了半级，要再嘉奖他，那什么重奖他。而现在出任江北督师的正是史可法，如果商毅接任了督师的职位，史可法怎么办，那就只能回南京入阁理事了，不是还有人要自己主动辞职让位吗？史可法一入阁，不就正好可以接任首辅吗？
这点小把戏那能瞒得过马士英呢？因此马士英对东林党又轩起的这一阵呼声装作没听见。相反还以保卫南京为名下令，让黄得功驻守芜湖，让刘良佐驻守无为州，并不返回他们先前的驻地。
同时马士英又上疏南京朝廷，要求朝廷招降李自成，封李自成为顺国公，驻守湖广，接挡清军的进攻。这一个决定顿时又是一石激起千层浪，因为李自成是害死先帝的罪魁祸首，马士英居然竟冒天下之大不违，提出招降李自成，自然立刻又遭到了东林党的一阵口诛笔伐。
但马士英丝毫也不为所动，坚持向李自成派出了使者。
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